Είναι κύστεις που προκύπτουν από διαταραχή του φυσιολογικού μηχανισμού της ωορρηξίας. Υπάρχουν δύο είδη λειτουργικών κύστεων :
οι ωοθυλακικές που συμβαίνουν όταν δεν έχει επιτευχθεί ωορρηξία και το ωάριο συνεχίζει να μεγαλώνει σχηματίζοντας ένα κυστικό σχηματισμό υπερπαράγοντας οιστρογόνα
και οι ωχρινικές κύστεις που εμφανίζονται όταν το ωχρό σωμάτιο μετά την ωορρηξία αυξάνεται σε μέγεθος και δεν απορροφάτε με αποτέλεσμα να υπερπαράγεται προγεστερόνη.
Οι κύστεις αυτές μπορούν να φτάσουν τα 8cm και απεικονίζονται στον υπερηχογράφημα ως απλές λεπτοτοιχωματικές βλάβες χωρίς ηχοανακλάσεις, διαφραγμάτια ή περιεχόμενο. Δημιουργούν ήπιο κοιλιακό άλγος, διαταραχές στην περίοδο (καθυστέρηση, μητρορραγίες κλπ) και συμπτώματα κύησης (πρήξιμο στους μαστούς και στην κοιλιά, κατακράτηση υγρών, ήπια ναυτία). Σπάνια επιπλέκονται με αιμορραγία εντός αυτών (αιμορραγική κύστη), ρήξη και ενδοκοιλιακή αιμορραγία ή συστροφή της κύστης. Τότε εμφανίζεται έντονο κοιλιακό άλγος το οποίο πρέπει να μας θορυβήσει.
Δεν είναι απαραίτητη κάποια θεραπεία μιας και η συντριπτική πλειοψηφία των λειτουργικών κύστεων υποχωρεί αυτόματα σε διάστημα 45 ημερών. Παλαιότερα δίνονταν ορμονική θεραπεία με αντισυλληπτικά ή προγεστερόνη χωρίς όμως να υπερτερεί της απλής αναμονής. Αντιθέτως η προγεστερόνη αυξάνει σε μέγεθος τις ωχρινικές κύστεις και δημιουργεί επεισόδια μητρορραγίας. Πολύ σπάνια είναι απαραίτητη η λαπαροσκοπική παρέμβαση και μόνο επί επιπλοκής της κύστης.